ua.kiev.icyb.bio

Class SequenceUtils

java.lang.Object

ua.kiev.icyb.bio.SequenceUtils

public class SequenceUtils
extends Object

Утилиты для обработки коллекций последовательностей.

Constructor Summary

Constructors

Constructor and Description
SequenceUtils()

Method Summary

Methods

Modifier and Type	Method and Description
static String	newID() Создает случайный идентификатор.
static Sequence	parseSequence(SequenceSet set, String text) Создает последовательность по ее текстовому представлению и выборке, в которую последовательность потенциально может входить.
static SequenceSet	translateStates(SequenceSet set, Map<Character,Character> observedMap, Map<Character,Character> hiddenMap) Производит отображение наблюдаемых и/или скрытых состояний для заданной выборки.
static Map<Character,Character>	translationMap(String map) Создает символьное отображение по его текстовому представлению.

Methods inherited from class java.lang.Object

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

Constructor Detail

SequenceUtils

public SequenceUtils()

Method Detail

newID

public static String newID()

Создает случайный идентификатор. Идентификатор состоит из 20 символов; в него могут входить символы из кодировки base64 (заглавные и строчные латинские буквы, цифры и знаки '+' и '/').

Returns:

случайный идентификатор длиной 20 символов

parseSequence

public static Sequence parseSequence(SequenceSet set,
                     String text)

Создает последовательность по ее текстовому представлению и выборке, в которую последовательность потенциально может входить. Если выборка задает алфавит полных состояний, то представление состоит из полных состояний; в противном случае представление состоит из чередующихся между собой наблюдаемых и скрытых состояний.

Parameters:

set - выборка, которая определяет множества наблюдаемых и скрытых состояний

text - текстовое представление последовательности

Returns:

последовательность, соответствующая текстовому представлению

translationMap

public static Map<Character,Character> translationMap(String map)

Создает символьное отображение по его текстовому представлению. Текстовое представление должно иметь вид

 <src>:<dest>
 

где src и dest — строки одинаковой длины. i-й символ строки src отображается в i-й символ строки dest.

Пример.

 Map map = SequenceUtils.translationMap("abcdef:bccaff");
 System.out.println(map);
 

выведет строку

 {f=f, d=a, e=f, b=c, c=c, a=b}
 

Parameters:

map - текстовое представление отображения

Returns:

отображение

Throws:

IllegalArgumentException - если входная строка не является корректным текстовым представлением отображения

translateStates

public static SequenceSet translateStates(SequenceSet set,
                          Map<Character,Character> observedMap,
                          Map<Character,Character> hiddenMap)

Производит отображение наблюдаемых и/или скрытых состояний для заданной выборки.

Например, для преобразования выборки белков, полученной из файлов DSSP (т.е. содержащей восемь скрытых состояний "-GHIEBTS"), к формату, соответствующему стандартной задаче распознавания (с тремя скрытыми состояниями "-HS"), следует выполнить код

 SequenceSet proteins = ...;
 Map<Character, Character> map = SequenceUtils.translationMap("-TSGHIEB:---HHHSS");
 SequenceSet translated = SequenceUtils.translateStates(set, null, map);
 

Parameters:

set - выборка, для которой производится отображение

observedMap - отображение наблюдаемых состояний выборки; null, чтобы не отображать наблюдаемые состояния

hiddenMap - отображение скрытых состояний выборки; null, чтобы не отображать скрытые состояния

Returns:

преобразованная выборка