ua.kiev.icyb.bio

Class Sequence

java.lang.Object

ua.kiev.icyb.bio.Sequence

public class Sequence
extends Object

Прецедент — пара из наблюдаемой и скрытой строк состояний.

Для ускорения вычислений и уменьшения объема памяти, потребляемой алгоритмами, каждый прецедент обладает идентификатором. Два прецедента равны тогда и только тогда, когда их идентификаторы совпадают (фактическое содержимое прецедентов при этом может различаться).

Nested Class Summary

Nested Classes

Modifier and Type	Class and Description
class	Sequence.Segment Сегмент последовательности — наибольший возможный отрезок строки скрытых состояний, включающий состояния одного типа.

Field Summary

Fields

Modifier and Type	Field and Description
byte[]	hidden Последовательность скрытых состояний.
String	id Идентификатор прецедента в выборке.
int	index Номер прецедента в содержащей его выборке.
byte[]	observed Последовательность наблюдаемых состояний.
SequenceSet	set Выборка, содержащая прецедент.

Constructor Summary

Constructors

Constructor and Description
Sequence(byte[] observed, byte[] hidden) Создает прецедент с заданными строками наблюдаемых и скрытых состояний.
Sequence(String id, byte[] observed, byte[] hidden) Создает прецедент с заданными параметрами.

Method Summary

Methods

Modifier and Type	Method and Description
boolean	equals(Object obj)
int	hashCode()
int	length() Длина строк, составляющих прецедент.
List<Sequence.Segment>	segments() Вовращает последовательность сегментов, из которых состоит этот прецедент.
String	toString()

Methods inherited from class java.lang.Object

clone, finalize, getClass, notify, notifyAll, wait, wait, wait

Field Detail

observed

public final byte[] observed

Последовательность наблюдаемых состояний.

hidden

public final byte[] hidden

Последовательность скрытых состояний.

id

public final String id

Идентификатор прецедента в выборке. Для задач биоинформатики идентификатор связан с идентификаторами генов и белков в глобальных базах данных NCBI и CMBI.

index

public final int index

Номер прецедента в содержащей его выборке.

set

public final SequenceSet set

Выборка, содержащая прецедент.

Constructor Detail

Sequence

public Sequence(String id,
        byte[] observed,
        byte[] hidden)

Создает прецедент с заданными параметрами.

Parameters:

id - идентификатор прецедента

observed - строка наблюдаемых состояний

hidden - строка скрытых состояний

Sequence

public Sequence(byte[] observed,
        byte[] hidden)

Создает прецедент с заданными строками наблюдаемых и скрытых состояний. Идентификатор прецедента генерируется автоматически случайным образом.

Parameters:

observed - строка наблюдаемых состояний

hidden - строка скрытых состояний

See Also:

SequenceUtils.newID()

Method Detail

length

public int length()

Длина строк, составляющих прецедент.

Returns:

длина строк

segments

public List<Sequence.Segment> segments()

Вовращает последовательность сегментов, из которых состоит этот прецедент.

Returns:

список сегментов в порядке их появления в строке скрытых состояний

equals

public boolean equals(Object obj)

Overrides:

equals in class Object

hashCode

public int hashCode()

Overrides:

hashCode in class Object

toString

public String toString()

Overrides:

toString in class Object