ua.kiev.icyb.bio

Class NamedSequenceSet

java.lang.Object

java.util.AbstractCollection<Sequence>

ua.kiev.icyb.bio.SimpleSequenceSet

ua.kiev.icyb.bio.NamedSequenceSet

All Implemented Interfaces:

Serializable, Iterable<Sequence>, Collection<Sequence>, Representable, SequenceSet

public class NamedSequenceSet
extends SimpleSequenceSet

Именованная выборка данных.

See Also:

Serialized Form

Nested Class Summary

Nested classes/interfaces inherited from interface ua.kiev.icyb.bio.SequenceSet

SequenceSet.Filter

Field Summary

Fields inherited from class ua.kiev.icyb.bio.SimpleSequenceSet

writeContent

Constructor Summary

Constructors

Modifier	Constructor and Description
protected	NamedSequenceSet(SequenceSet other) Создает обертку вокруг выборки.
	NamedSequenceSet(String datasetName, Env env) Загружает именованную выборку.

Method Summary

Methods

Modifier and Type	Method and Description
boolean	add(Sequence sequence) Добавляет в коллекцию пару из наблюдаемой и соответстующей скрытой последовательности состояний.
boolean	addAll(Collection<? extends Sequence> c)
protected String	autoID() Возвращает автоматически сгенерированный идентификатор прецедента.
void	clear()
SequenceSet	filter(boolean[] selector) Фильтрует набор последовательностей в соответствии с заданным индикатором вхождения.
SequenceSet	join(SequenceSet other, SequenceSet... more) Создает выборку путем слияния нескольких выборок.
Sequence	remove(int index) Удаляет из коллекции прецедент с заданным индексом.
boolean	remove(Object o)
boolean	removeAll(Collection<?> c)
String	repr() Возвращает более или менее детализированное текстовое представление объекта.
boolean	retainAll(Collection<?> c)
String	toString()

Methods inherited from class ua.kiev.icyb.bio.SimpleSequenceSet

addSet, completeStates, contains, doAdd, equals, filter, get, hashCode, hidden, hiddenStates, id, iterator, observed, observedStates, read, saveToFile, size

Methods inherited from class java.util.AbstractCollection

containsAll, isEmpty, toArray, toArray

Methods inherited from class java.lang.Object

clone, finalize, getClass, notify, notifyAll, wait, wait, wait

Methods inherited from interface java.util.Collection

containsAll, isEmpty, toArray, toArray

Constructor Detail

NamedSequenceSet

public NamedSequenceSet(String datasetName,
                Env env)
                 throws IOException

Загружает именованную выборку. Соответствие между именем выборки и файлом, в которой она хранится, осуществляется с помощью метода Env.resolveDataset(String).

Parameters:

datasetName - название выборки

Throws:

IOException - если при чтении файла выборки произошла ошибка ввода/вывода

IllegalArgumentException - если указанное имя выборки не соответствует файлу

NamedSequenceSet

protected NamedSequenceSet(SequenceSet other)

Создает обертку вокруг выборки.

Parameters:

other - выборка данных, для которой создается обертка

Method Detail

autoID

protected String autoID()

Description copied from class: SimpleSequenceSet

Возвращает автоматически сгенерированный идентификатор прецедента. Используется в методе SimpleSequenceSet.read(BufferedReader) для прецедентов, у которых явно не задан идентификатор.

Реализация по умолчанию возвращает номер прецедента в выборке.

Overrides:

autoID in class SimpleSequenceSet

Returns:

идентификатор прецедента

join

public SequenceSet join(SequenceSet other,
               SequenceSet... more)

Description copied from interface: SequenceSet

Создает выборку путем слияния нескольких выборок. Последовательность строк в полученной выборке соответствует порядку перечисления аргументов метода: сначала идут строки из текущей выборки, затем - из other и т.д.

Specified by:

join in interface SequenceSet

Overrides:

join in class SimpleSequenceSet

Parameters:

other - множество, которое добавляется к выборке

more - дополнительные множества

filter

public SequenceSet filter(boolean[] selector)

Description copied from interface: SequenceSet

Фильтрует набор последовательностей в соответствии с заданным индикатором вхождения. Наблюдаемые и скрытые строки в отфильтрованном наборе располагаются в том же порядке, в каком они находились в исходном наборе.

Specified by:

filter in interface SequenceSet

Overrides:

filter in class SimpleSequenceSet

Parameters:

selector - массив булевых величин, определяющий для каждой пары наблюдаемой и соответствущей скрытой строк в исходном наборе, будут ли они входить в отфильтрованный набор. Длина массива не должна быть меньше размера исходного набора.

Returns:

отфильтрованный набор последовательностей

repr

public String repr()

Возвращает более или менее детализированное текстовое представление объекта. В отличие от метода Object.toString(), подразумевается, что представление занимает одну или более полных строк.

В представление входит имя выборки (если есть), количество строк и алфавиты наблюдаемых и скрытых состояний.

В представление входит имя выборки (если есть), количество строк и алфавиты наблюдаемых и скрытых состояний.

Specified by:

repr in interface Representable

Overrides:

repr in class SimpleSequenceSet

Returns:

текстовое представление объекта

toString

public String toString()

Overrides:

toString in class SimpleSequenceSet

add

public boolean add(Sequence sequence)

Description copied from class: SimpleSequenceSet

Добавляет в коллекцию пару из наблюдаемой и соответстующей скрытой последовательности состояний.

Specified by:

add in interface Collection<Sequence>

Overrides:

add in class SimpleSequenceSet

Parameters:

sequence - добавляемый объект

remove

public Sequence remove(int index)

Description copied from class: SimpleSequenceSet

Удаляет из коллекции прецедент с заданным индексом.

Overrides:

remove in class SimpleSequenceSet

Parameters:

index - индекс прецедента, который надо удалить

remove

public boolean remove(Object o)

Specified by:

remove in interface Collection<Sequence>

Overrides:

remove in class AbstractCollection<Sequence>

clear

public void clear()

Specified by:

clear in interface Collection<Sequence>

Overrides:

clear in class SimpleSequenceSet

addAll

public boolean addAll(Collection<? extends Sequence> c)

Specified by:

addAll in interface Collection<Sequence>

Overrides:

addAll in class AbstractCollection<Sequence>

removeAll

public boolean removeAll(Collection<?> c)

Specified by:

removeAll in interface Collection<Sequence>

Overrides:

removeAll in class AbstractCollection<Sequence>

retainAll

public boolean retainAll(Collection<?> c)

Specified by:

retainAll in interface Collection<Sequence>

Overrides:

retainAll in class AbstractCollection<Sequence>