Архив за день: Февраль 26, 2015

Программный комплекс по биоинформатике. Сохранение прогресса алгоритмов

Одна из особенностей комплекса — возможность сохранения и восстановления состояния для большинства реализованных алгоритмов. Пара причин, по которым такой механизм действительно нужен:

  • Алгоритмы распознавания и некоторые вспомогательные алгоритмы (например, алгоритмы отбора предикатов для иерархических композиций) работают достаточно долго (от 10 минут до нескольких часов). Хотелось бы иметь возможность в любой момент прервать работу алгоритма и вернуться к нему позже. (При прерывании выполнения программы пользователем сохранение состояния алгоритма возможно за счет использования Runtime.addShutdownHook.)
  • Во многих случаях имеет ценность информация, связанная с алгоритмом (например, порядок используемой модели для распознавания). Желательно, чтобы эту информацию не требовалось хранить вручную.

Наиболее очевидный способ хранения структурированных данных в Java, который и был использован — сериализация средствами интерфейса java.io.Serializable. У этого метода есть недостатки (например, при изменении структуры наследования класса или его переименовании десериализация перестает работать), но при разумном процессе разработки количество встреч с ними минимально. Более того, разработка с оглядкой на сериализацию побуждает с самого начала создавать правильную иерархию классов и подбирать для классов подходящие поля.

Читать далее Программный комплекс по биоинформатике. Сохранение прогресса алгоритмов